Cross Days es una versión alterna de School Days HQ(Se recomienda jugar antes que está).
Yuuki conoce a Kotonoha en la biblioteca a inicios del segundo semestre. Ellos frecuentemente van a la biblioteca... Un día, el ve a Roka en la biblioteca. Esa misma noche Yuuki se enamora de Roka. Roka también se siente atraida por Yuuki, sin embargo su amor no va bien..
