La historia comienza en el capítulo 1, 'Down the Rabbit-Hole', en julio de 2012. Minakami Yuki vive una vida cotidiana pacífica con Tsukasa y Kagami, sus amigas de la infancia. Luego encuentra a una chica llamada Takashima Zakuro lanzando juguetes de peluche desde una azotea. Zakuro es una misteriosa chica que habla de cosas como el cielo y la aerodinámica, y le pide disculpas a Yuki por arrastrarla a una historia tan trágica.
